La chía era utilizada por los aztecas desde el año 3.500 AC y constituyó el elemento básico de los pueblos originarios del oeste americano (mayas y aztecas) entre los años 1500 y 900 AC. Fue usada pura, como alimento o mezclada con otros, en agua como bebida, molida como harina, incluida en medicinas, como alimento para aves, y prensada para obtener su aceite.
Con la llegada de los conquistadores españoles, la chía fue combatida hasta casi llegar a su extinción, puesto que fue considerada contraria a los intereses religiosos debido a su utilización en rituales y ceremonias destinadas a los dioses Aztecas.
Este cultivo sobrevivió solo en pequeñas áreas en regiones montañosas del sur de México y Guatemala, hasta 1991. En ese año se inició un programa de investigación y desarrollo que trabajó para su recuperación. En la actualidad la chía se cultiva en Argentina, México, Perú y Bolivia.